Late middeleeuwen
Vanaf het begin van de late middeleeuwen (1050 tot 1500) neemt de bevolking in Zeeland sterk toe. Hiervan zijn veel sporen terug te vinden. Van de ongeveer 170 kasteelbergen uit die periode zijn er 37 als zichtbaar monument bewaard gebleven. Van de overige zijn nog sporen in de bodem bewaard. In deze periode ontstaan de meeste dorpen en steden. De historische kernen van ongeveer honderd Zeeuwse steden en dorpen zijn op de Archeologische Monumentenkaart opgenomen.
Door stormvloeden en overstromingen zijn vele dorpen en een stad verdronken en verlaten. In het Zeeuwse gebied kennen we er 117; circa 45 daarvan zijn deels opgenomen op de monumentenkaart, deels bekend als vindplaats. Een aantal van deze archeologische resten bevinden zich in het buitendijkse getijdengebied. De verdronken dorpen zijn een voor Zeeland bijzonder verschijnsel, waaraan in de vorm van een project uitvoerig aandacht is besteed.
Nieuwe tijd
In de nieuwe tijd (1500 tot heden) hebben de ontwikkelingen in de dorpen en versterkte steden ook hun archeologische sporen nagelaten. In deze periode is vooral Zeeuws-Vlaanderen het strijdtoneel geweest van de Tachtigjarige Oorlog. Daarvan zijn in zeven verdedigingslinies, de zogenaamde Staats-Spaanse Linies, 75 forten en schansen overgebleven. In deze periode ontstaat ook de Vereenigde Oost-Indische Compagnie (VOC), waarvan de kamer Zeeland, na Amsterdam, de invloedrijkste is. Vier steden in Zeeland hebben uit die geschiedenis nog resten op en in hun bodemarchief bewaard: Middelburg, Veere, Vlissingen en Zierikzee.